Тонкости обновления iTunes
В последней версии iTunes 9.1.1 появилась возможность при синхронизации с айфоном автоматически перекодировать музыку в формат AAC (128Kbit) для более компактного её хранения.
Кое-кто сталкивался с такой проблемой, когда при установке этой галочки музыка конвертируется заново при каждой синхронизации.
Как оказалось, если вы обновили iTunes через Software Update, то вам приехала версия 9.1.1 (11), а на сайте Apple сейчас выложена версия 9.1.1 (12), в которой эта проблема решена.
Так что, если вы испытываете описанную выше проблему, совсем правильную версию медиакомбайна и обновитесь. Должно помочь.